Si estás confundido acerca de la manera en que Linux organiza su sistema de archivos, aquí tienes un buena representación de la jerarquía encontrada en linuxconfig.org.

Esta jerarquía de directorios responde a la Filesystem Hierarchy Standard (FHS) diseñada allá por 1994 para estandarizar el sistema de archivos de las distribuciones GNU/Linux, basándose en la organización tradicional de directorios de UNIX.

Vía: Linux and Open Source Blog