Disponible desde la versión 1.6 de Java, el método console de la clase System, nos devuelve el único objeto de tipo Console asociado a la instancia de la máquina virtual en ejecución.

El objeto Console no ofrece una serie de métodos para acceder a un dispositivo de consola basado en caracteres. Es específicamente el método readPassword el que vamos a utilizar para leer una contraseña por consola. El método readPassword se diferencia del método readLine en que el primero deshabilita el eco, es decir, el caracter que se ingrese no se muestra en la consola.

Como no puede faltar, por más sencillo que sea, el ejemplo:

/**
 * Test.java
 */
package password;

import java.io.Console;

/**
 *
 * @author Luciano
 *
 */

public class Test {

    public static void main(String[] args) {
        Console terminal = System.console();
        if (terminal==null ) {
            System.err.println("No puedo obtener la consola.");
            return;
        }

        String usuario = new String (terminal.readLine("login:"));
        String contraseña = new String (terminal.readPassword("Password:"));
       
       
    }
}

Vía: Java examples